Der Ort
Niedernissa liegt am Linderbach am Übergang des Thüringer Beckens im Norden zum Steigerwald im Süden. In der Ortsflur dominiert landwirtschaftliche Nutzfläche. Im Osten liegt das Wechselholz und im Süden das Klosterholz und der Willroder Forst als Waldgebiete. Östlich des Dorfes verläuft der Peterbach, auf dessen anderer Seite das zur Gemeinde Mönchenholzhausen im Landkreis Weimarer Land gehörende Obernissa liegt. Weitere Nachbardörfer sind Urbich und Büßleben im Norden, Rhoda im Südosten und Windischholzhausen im Westen. Die Entfernung zur Erfurter Altstadt beträgt etwa sieben Kilometer.
Niedernissa ist ursprünglich ein Straßendorf. Nach 1990 entstand im Osten des alten Dorfs eine Einfamilienhaussiedlung, die für einen erheblichen Bevölkerungszuwachs sorgte.